재건축사업 수용 나대지 양도세

[ 요 지 ]
도정법에 따른 정비구역 안의 토지를 도정법에 따른 사업시행자에게 양도하는 경우 비사업용 토지의 기간기준에 따라 비사업용토지에 해당하지 아니하여 장기보유특별공제 가능함
[답변내용]
「도시 및 주거환경 정비법」에 따른 정비구역 안의 토지(나대지)를 판결에 따라 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도하는 경우, 해당 토지를 소유하는 기간 중 「소득세법」제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따른 사용이 금지 또는 제한된 기간을 제외한 기간이 같은 영 제168조의6에 따른 비사업용 토지의 기간기준에 해당하지 않으므로 비사업용토지에 해당하지 아니한 것이며, 그 양도소득금액을 계산할 때 같은 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제를 적용하는 것입니다.
또한, 「조세특례제한법」제77조 제1항 제2호에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 조 제1항에 상당하는 세액을 감면하는 것입니다.
[ 관련법령 ] 소득세법 제95조【양도소득금액】

1. 질의내용

○ 소득세법 제104조의3 제2항에 따른 비사업용토지에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있는지 여부와 장기보유특별공제 적용 여부

○ 조세특례제한법 제77조 제1항제2호에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는지 여부



2. 사실관계

○ 신청인은 도시환경정비사업의 정비구역 내에 토지(대지)소유자로  사업시행자가 소유권이전등기 청구소송을 제기하여 소송결과 대금을 지급하고 소유권이전등기 절차를 이행하라는 판결에 따라 양도함

* 쟁점토지 : xxx(대지, 330㎡)

○ 1982.10.08. ○○○(父), 대지의 일부지분 취득

  ○ 2006.12.17. 정비구역지정고시(xxx 고시 제xxx-xx호)

  ○ 2008.05.06. ○○○(子), 나머지 지분 취득

  ○ 2012.10.19. 구청 인가를 받아 주택재건축정비사업조합(이하 ‘조합’) 설립

  ○ 2013.09.10. 조합이 소유권이전등기 소송제기(승소)

  ○ 2013.10.30. 정비구역변경지정고시(xxx 고시 제xxx-xx호)

  ○ 2014.06.16. 사업시행인가일

  ○ 2015.04.03.父,子는 조합에 쟁점토지를 대금을 지급받고 소유권이전등기를 완료함



3. 관련 법령

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】    

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 양도가액 이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 양도차익 이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 장기보유 특별공제액 이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

    첨부그림

○ 소득세법 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 비사업용 토지 란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1호〜7호(생략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제168조의 6 【비사업용 토지의 기간기준】

   법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 기간 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

   가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의모두에 해당하는 기간

   가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다.

   가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

   나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 소득세법 시행령 제168조의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용토지(이하 비사업용 토지 라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

  3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

  4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황・취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

② 〜 ④ (생략)

○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의만기까지 보유하기로특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

  1.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  3.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에따른 사업시행자(이하 이 조에서 사업시행자 라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 지정 전 사업자 라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

  2.제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 10(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 20)에 상당하는 금액을 징수한다.

⑤ 제1항제1호・제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조제6항을 준용한다.

⑥ 제1항제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑧ 제1항과 제4항을 적용하는 경우 채권을 만기까지 보유하기로 한 특약의 내용, 특약을 위반하였을 때 그 위반 사실을 국세청에 통보하는 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나 「소득세법」 제97조의2제1항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제72조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

①〜④ (생략)

⑤ 법 제77조제3항제2호에서 대통령령으로 정하는 기한 이란 사업시행인가에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

○ 도시 및 주거환경 정비법 제2조【용어의 정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. 정비구역 이라 함은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

  2. 정비사업 이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축사업을 포함한다.

   가.  주거환경개선사업: 도시저소득주민이 집단으로 거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

   나.  주택재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

   다. 주택재건축사업: 정비기반시설은 양호하나 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

   라. 도시환경정비사업: 상업지역ㆍ공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

   마. 주거환경관리사업: 단독주택 및 다세대주택 등이 밀집한 지역에서정비기반시설과 공동이용시설의 확충을 통하여 주거환경을 보전ㆍ정비ㆍ개량하기 위하여 시행하는 사업

   바. 가로주택정비사업: 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 가로구역에서 종전의 가로를 유지하면서 소규모로 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

○ 도시 및 주거환경 정비법 제5조【행위제한 등】

① 정비구역 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경,토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 시장ㆍ군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제1항의 규정에 불구하고 허가를 받지 아니하고 이를 할 수 있다. (2005.12.7. 개정)

  1. 재해복구 또는 재난수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위

  2. 그밖에 대통령령이 정하는 행위

○ 도시 및 주거환경 정비법 시행령 제13조의 4【행위허가의 대상 등】

① 법 제5조 제1항에 따라 시장ㆍ군수의 허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

  1. 건축물의 건축 등:「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(가설건축물을 포함한다)의 건축, 대수선 또는 용도변경

  2. 공작물의 설치: 인공을 가하여 제작한 시설물(「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 제외한다)의 설치

  3. 토지의 형질변경: 절토ㆍ성토ㆍ정지ㆍ포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위, 토지의 굴착 또는 공유수면의 매립

  4. 토석의 채취: 흙ㆍ모래ㆍ자갈ㆍ바위 등의 토석을 채취하는 행위. 다만, 토지의 형질변경을 목적으로 하는 것은 제3호에 따른다.

  5. 토지분할

  6. 물건을 쌓아놓는 행위: 이동이 용이하지 아니한 물건을 1월 이상 쌓아놓는 행위

  7. 죽목의 벌채 및 식재

○ 건축법 제18조【건축허가의 제한 등】

① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나주무부장관이 국방, 문화재보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 지역계획이나 도시ㆍ군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

③ 국토교통부장관이나 시ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나건축허가를 받은 건축물의 착공을 제한하려는 경우에는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따라 주민의견을 청취한 후 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한기간은 2년 이내로 한다. 다만, 1회에 한하여 1년 이내의 범위에서 제한기간을 연장할 수 있다.

⑤ 국토교통부장관이나 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한 목적ㆍ기간, 대상 건축물의 용도와 대상 구역의 위치ㆍ면적ㆍ경계 등을상세하게 정하여 허가권자에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 허가권자는 지체 없이 이를 공고하여야 한다.

⑥ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제2항에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장의건축허가나 건축물의 착공을 제한한 경우 즉시 국토교통부장관에게보고하여야 하며, 보고를 받은 국토교통부장관은 제한 내용이 지나치다고 인정하면 해제를 명할 수 있다.